L’élevage en agriculture biologique est encadré par le règlement européen afin de mettre en œuvre des pratiques respectueuses du bien-être animal :
- les animaux ont accès à un parcours extérieur,
- la taille des bâtiments et la densité des animaux sont limitées,
- chaque animal dispose d’un espace bien aéré, de lumière et d’une surface minimum, paillée à l’intérieur des bâtiments, lui permettant de se mouvoir librement,
- les animaux sont nourris avec une alimentation bio,
- la santé des animaux est axée principalement sur la prévention, avec des méthodes et conditions d’élevage privilégiant le bien-être de l’animal et stimulant les défenses naturelles,
- toute souffrance doit être réduite au minimum pendant toute la durée de vie de l’animal, y compris lors de l’abattage,
- le personnel chargé des animaux possède les connaissances et les compétences élémentaires nécessaires en matière de santé et de bien-être des animaux
Les organismes certificateurs et autorités de contrôle sont donc chargés de vérifier le bon respect de ces dispositions lors des contrôles annuels.