Les opérateurs de la filière bio prennent toutes les mesures de précaution nécessaires pour éviter les contaminations extérieures quelle que soit leur origine (distances de sécurité avec les champs voisins si nécessaire, installation de haies, de fossés…).
De même, les organismes certificateurs appliquent une grille d’analyse des risques pour éviter toute contamination. Des prélèvements pour analyse sont effectués par sondage afin de vérifier la non contamination par des produits interdits (pesticides, OGM…) et les produits concernés ne sont pas certifiés le cas échéant.